Fiscalité & médecins libéraux : 4 nouveautés pour votre déclaration d’impôts 2025

Découvrez les conseils de Vincent Delage, notre expert en comptabilité des professions libérales

Nouvelles règles, ajustements, opportunités à ne pas manquer… Comme chaque année, Medaviz fait le point avec Vincent Delage, Manager senior au sein du cabinet d’expertise comptable La Compagnie Fiduciaire, pour vous aider à y voir clair sur les évolutions fiscales et optimiser votre déclaration en toute sérénité.

Quelles sont les nouveautés fiscales pour les professions libérales cette année ?

Vincent Delage / La Compagnie Fiduciaire : Comme annoncé l’an passé, plusieurs mesures ont été entérinées et s’appliquent désormais à l’exercice 2025. Certaines suppressions de dispositifs sont effectives, tandis que de nouvelles règles modifient le calcul des cotisations sociales. D’autre part, la réforme de la facture électronique va aussi impacter les cabinets médicaux. Voici un décryptage des principaux changements à connaître.

1. Suppression de deux crédits d’impôt

• Disparition du crédit d’impôt formation du chef d’entreprise

La loi de finances pour 2025 supprime le crédit d’impôt formation du chef d’entreprise. Jusqu’à présent, il permettait de bénéficier d’un crédit d’impôt égal au calcul suivant :  SMIC horaire (11,88 €) × 2 × nombre d’heures de formation, dans la limite de 40 heures,  soit un avantage maximal de 951 €. Ce dispositif n’est désormais plus applicable.

• Suppression du crédit d’impôt pour frais de comptabilité

Le crédit d’impôt pour frais de comptabilité réservé aux adhérents d’une association de gestion agréée (AGA) est également supprimé à compter de l’exercice 2025. Il concernait les professionnels dont le chiffre d’affaires était inférieur à 77 700 € par an.

En conséquence de la suppression de ce crédit d’impôt : l’adhésion à une AGA ne procure désormais plus d’avantage fiscal direct.

2. Cumul des abattements fiscaux pour les médecins conventionnés secteur 1

Bonne nouvelle pour les médecins conventionnés secteur 1 : le cumul des abattements fiscaux est désormais généralisé à tous, qu’ils soient ou non adhérents d’une association agréée. 

Ils peuvent bénéficier : 

• De l’abattement de 2 % calculé sur les recettes ou pratiquer la déduction des charges réelles sur certaines charges telles que :

• Le blanchissage,
• Les petits déplacements urbains,
• Les cadeaux professionnels,
• Les frais de réception / restauration,
• Les frais de prospection.

Ces dépenses peuvent être déclarées soit  en frais réels, soit via l’application de l’abattement de 2 %.

• De l’abattement 3% des recettes conventionnées,
• De l’abattement Groupe III plafonné à 3 050 € (montant variable en fonction des recettes et de la spécialité pratiquée).

Cette mesure s’applique dès l’exercice 2025, mais également de manière rétroactive sur les années non prescrites (c’est-à-dire 2022, 2023 et 2024).

Les professionnels de santé concernés peuvent déposer des déclarations rectificatives auprès de l’administration fiscale afin d’obtenir une restitution d’impôt.

3. Nouvelle base de calcul des cotisations sociales en 2025

La base de calcul des cotisations sociales pour la CARMF (ou pour les autres caisses de retraite pour les professionnels du paramédical) et/ou pour l’URSSAF a changé par rapport à l’exercice 2024. Désormais, le montant des cotisations est désormais calculé  sur un bénéfice auquel sont réintégrées les cotisations sociales versées dans l’année (CSG, allocations familiales, maladie, indemnités journalières, retraite).

Un abattement de 26 % est ensuite appliqué sur ce « super brut », y compris pour la base de CSG (dont le taux est de 9,70 % pour les professionnels de santé libéraux).

Impact estimé :

• Effet plutôt favorable pour les revenus compris entre 50 000 € et 100 000 €,
• Possible hausse de cotisations pour les revenus plus élevés,

Un point individualisé avec votre expert-comptable est fortement recommandé.

4. Réforme de la facture électronique : à anticiper dès maintenant !

Après avoir imposé la facturation électronique dans les échanges public-privé en 2017, la France généralise le dispositif à la majorité des acteurs économiques. La réforme de la facture électronique (ou RFE) exige que tous les professionnels libéraux se préparent à recevoir les factures de leurs fournisseurs sur une plateforme de facture électronique agréée dès septembre 2026. 

Dates clés :

• 1er septembre 2026 : obligation de pouvoir recevoir les factures électroniques de vos fournisseurs via une plateforme agréée.
• 1er septembre 2027 : obligation, le cas échéant, d’émettre vos factures au format électronique et de transmettre vos données de ventes à l’administration (pour les actes hors nomenclatures).

Qui est concerné ?

Tous les professionnels de santé libéraux, qu’ils soient en régime réel ou micro-entrepreneur.

À partir de septembre 2026, vous devez être en mesure de recevoir les factures de vos fournisseurs via une plateforme agréée. 

Pour les recettes, il convient de distinguer les praticiens facturant des actes conventionnés et ceux facturant des actes hors convention.

Pour les actes remboursés (article 261-4 du CGI), aucun changement n’est à prévoir et aucune facturation électronique. Continuez comme aujourd’hui !

Pour les praticiens facturant des actes hors nomenclature vous devez à partir de septembre 2027 :

• Clients entreprises : factures électroniques obligatoires via une plateforme agréée (PA, anciennement PDP)
• Clients particuliers : déclaration de vos recettes à l’administration (saisie manuelle ou automatique selon votre logiciel)

À noter : même une SCI patrimoniale familiale peut être concernée par l’obligation de réception des factures électroniques et par conséquent opter pour une plateforme agréée.

Concrètement, que faire dès maintenant ?  

1. Faire un état des lieux

• Identifier les actes hors nomenclature
• Recenser les actes non remboursés
• Estimer le volume de factures à destination d’entreprises
• Vérifier votre système de facturation
  

2. Anticiper avec vos partenaires

• Contacter votre éditeur de logiciel
• Demander la mise à jour « facturation électronique »
• Échanger avec votre expert-comptable
  

3. Choisir une plateforme agréée parmi les 130 plateformes déjà agréées

• Critères de choix : solution « tout-en-un » (réception + émission), simplicité d’utilisation, accompagnement et assistance, coût à terme (car ces plateformes deviendront payantes)
  

4.  Former votre équipe

• Prévoir environ 2 heures de formation par personne
• Créer un mémo simple pour le secrétariat
• Tester le système avant l’été 2026

La réforme de la facture électronique impose une anticipation dès maintenant pour éviter toute difficulté en 2026.

Avez-vous des conseils et bonnes pratiques à partager avec les praticiens qui exercent en libéral ?

Vincent Delage / La Compagnie Fiduciaire : Des sujets méritent une vigilance particulière comme la protection sociale complémentaire et la préparation de la retraite. 

1. Sécuriser sa protection sociale : prévoyance et retraite 

En exercice libéral, la protection sociale obligatoire reste souvent insuffisante, notamment en cas d’arrêt de travail prolongé. Au-delà de la complémentaire santé, il est fortement recommandé de souscrire un contrat de prévoyance couvrant :

• Les indemnités journalières en cas d’arrêt de travail,
• L’invalidité,
• Le décès.

Cela permet de sécuriser ses revenus et de protéger sa famille en cas d’aléa. Les médecins relèvent notamment de la CARMF, mais les prestations versées par les régimes obligatoires peuvent s’avérer limitées. Un contrat complémentaire adapté à votre niveau de revenus est donc essentiel.

2. Anticiper sa retraite le plus tôt possible

La préparation de la retraite ne doit pas commencer en fin de carrière, mais dès les premières années d’exercice.

• Devenir propriétaire de sa résidence principale

Pour les jeunes professionnels, l’acquisition de la résidence principale constitue souvent le premier levier patrimonial. Être propriétaire permet de sécuriser son logement à long terme et de réduire les charges fixes à l’approche de la retraite. On peut ainsi considérer la résidence principale comme un « premier produit retraite ».

• Diversifier avec des solutions d’épargne

Il est également pertinent de compléter cette stratégie par des produits dédiés, comme le Plan d’Épargne Retraite (PER), qui permet :

• De déduire les versements de son revenu imposable (selon le choix du régime),
• De se constituer un capital ou une rente pour la retraite.

3. Optimiser la sortie en fin de carrière

À l’approche de la retraite, une réflexion globale s’impose :

• Sortie en capital ou en rente,
• Etalement des retraits,
• Arbitrage fiscal.

Un accompagnement par un expert-comptable ou un conseiller spécialisé permet d’identifier la stratégie la plus avantageuse afin de limiter l’impact fiscal et d’optimiser l’utilisation du capital constitué.

Y’ a t il des pièges à éviter ?

Vincent Delage / La Compagnie Fiduciaire : Oui, certains points techniques peuvent entraîner des erreurs de déclaration, notamment en matière de déduction des frais professionnels.

1. Attention au choix entre barème kilométrique et frais réels

En matière de frais de véhicule, il faut choisir entre l’application du barème kilométrique, ou la déduction des frais réels (carburant, entretien, assurance, amortissement…). Ces deux options sont exclusives l’une de l’autre. Autrement dit, si vous optez pour le barème kilométrique, vous ne pouvez pas déduire en plus les frais réels liés au véhicule,  et inversement.

Ce choix doit être effectué chaque année et mérite d’être simulé en amont pour retenir la solution la plus avantageuse.

2. Abattement de 2 % et frais correspondants : pas de cumul

Pour les médecins conventionnés secteur 1, l’application de l’abattement forfaitaire de 2 % entraîne une règle importante : les frais couverts par cet abattement ne peuvent pas être déduits en plus de l’abattement. Cela concerne notamment : le blanchissage, les frais de réception, les cadeaux et petits déplacements urbains. Il est donc nécessaire d’arbitrer entre la déduction détaillée des dépenses réelles, ou l’application de l’abattement forfaitaire de 2%.

3. Le cas particulier des frais de repas

Les frais de repas pris sur le lieu de travail (frais dits « de mission ») peuvent, eux, être déduits en complément de l’abattement de 2 % car ce ne sont pas des frais de réception.

Cependant, ils sont encadrés :

• Application d’une franchise de 5,45 €,
• Plafond de déduction fixé à 21,10 €.

Seule la fraction comprise entre ces deux montants est déductible.

Les principales erreurs proviennent souvent d’un cumul involontaire de dispositifs incompatibles. Avant de valider votre déclaration, il est donc essentiel de vérifier la cohérence des options retenues et, si nécessaire, d’effectuer des simulations avec votre expert-comptable afin d’optimiser votre situation tout en sécurisant votre déclaration.

Enfin, quels conseils donneriez-vous à un praticien libéral qui souhaite effectuer une activité complémentaire en salariat à hauteur de quelques heures par semaine ?

Vincent Delage / La Compagnie Fiduciaire : Le cumul d’une activité libérale avec une activité salariée est tout à fait possible. Cependant, une vigilance particulière s’impose au moment de la déclaration fiscale. 

Lorsqu’un professionnel de santé libéral rejoint l’équipe médicale de téléconsultation de Medaviz pour exercer une activité salariée complémentaire (entre 2,5 et 10 heures par semaine), les revenus perçus dans ce cadre doivent impérativement être déclarés dans la catégorie : « Traitements et salaires » et non intégrés aux recettes de l’activité libérale imposées en BNC.

Les revenus salariés font l’objet d’une déclaration automatique par l’employeur et remontent directement dans la déclaration préremplie du professionnel. Les ajouter par erreur aux recettes BNC reviendrait à les soumettre une seconde fois aux cotisations sociales libérales, fausser le résultat fiscal de l’activité, et créer un risque de redressement ou de régularisation.

Il est donc essentiel de bien distinguer : 

• Les revenus issus de l’activité indépendante (BNC), 
• Les revenus issus du contrat de travail (traitements et salaires).

En pratique, un simple contrôle de la déclaration préremplie permet généralement d’éviter toute erreur. En cas de doute, un échange rapide avec votre expert-comptable sécurise la situation.

Le cumul des statuts est une opportunité intéressante, à condition de bien respecter les règles déclaratives propres à chaque régime.

Sources : https://extranet.experts-comptables.org/download/document/237accc5-323b-46b5-aae9-56035833e95a/pdf